ImageJ 科研绘图教程合集（B站）
来源说明：本笔记整理自B站UP主「吃着鸡腿搞科研绘图」（南开大学）的4个ImageJ科研绘图视频教程的网页截图PDF。PDF为B站视频播放页面截图，不包含视频实际操作内容。以下为各视频的主题、关键技术点和对应操作流程整理。
视频列表总览
| 序号 | 视频标题 | 时长 | 发布时间 | 核心主题 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | ImageJ/Origin细胞共聚焦截面荧光强度分析 | 6:59 | 2020-04-13 | 共聚焦截面荧光强度分析（ImageJ+Origin） |
| 2 | 科研绘图ImageJ/Origin细胞共聚焦断面荧光强度分析——拆分细胞通道后分析荧光强度 | — | 2020-04-17 | 多通道拆分+断面荧光强度分析（系列第2部分） |
| 3 | 【科研绘图】ImageJ图像加标尺scalebar并用标尺校正图片尺寸测量细胞大小 | 6:19 | 2020-04-17 | 标尺校正、添加Scale Bar、细胞尺寸测量 |
| 4 | 科研绘图数据处理ImageJ叠合图片变动画GIF | 0:09 | 2020-04-13 | 图像叠合与GIF动画导出 |
UP主信息：吃着鸡腿搞科研绘图，认证为 nankai university（南开大学），粉丝196人（截至2020-05-01截图时），分区：科技 > 演讲·公开课。
教程一：共聚焦截面荧光强度分析（ImageJ + Origin）
适用场景
共聚焦荧光显微镜样本的截面（断面）荧光强度定量分析，时间梯度/处理梯度样本的荧光强度变化对比。
ImageJ 端操作步骤
-
数据导入
- 打开共聚焦图像（支持 TIF / LSM / CZI 等格式）
- 确认通道对应关系（如绿色=LysoTracker、红色=F-actin、蓝色=DAPI）
-
截面线绘制
- 选择 直线工具（Straight Line Tool）
- 在细胞/样本上绘制分析截面线（横跨细胞的直线）
- 多组样本可通过 ROI管理器 保存多条截面线
-
荧光强度提取
- 菜单：
Analyze → Plot Profile（快捷键Ctrl+K） - 生成截面线上的荧光强度分布曲线（横轴=距离，纵轴=灰度值/荧光强度）
- 点击曲线窗口的 List 按钮，导出每个位置的强度数值
- 数据可直接复制/导出为文本表格
- 菜单：
-
多组数据批量处理
- 对时间梯度（0h / 0.5h / 1h / 1.5h）依次提取数据
- 统一数据格式，供后续Origin绘图
Origin 端操作步骤
- 数据整理导入：将ImageJ导出的多组强度数据按组别/时间点整理列
- 曲线图绘制：折线图/面积图展示多组截面荧光强度变化趋势
- 3D可视化：将多组数据整理为矩阵，使用Origin 3D绘图（3D Wall / 3D Surface）生成堆叠式强度分布图
- 定量统计：强度峰值、峰面积、半高宽等参数统计与显著性分析
教程二：拆分细胞通道后分析荧光强度
适用场景
多通道共聚焦图像，需要分别分析各荧光通道（如F-actin、LysoTracker Green、DAPI）在同一切面上的强度分布。
关键操作要点
-
通道拆分
- ImageJ 中打开多通道图像
- 菜单：
Image → Color → Split Channels - 拆分后各通道独立为灰度图，可分别进行强度分析
-
断面分析三通道对比
- 同一条截面线应用于各通道
- 输出三条荧光强度分布曲线：
- F-actin（肌动蛋白，通常红色通道）
- LysoTracker Green（溶酶体绿色荧光探针）
- DAPI（细胞核染料，蓝色通道）
- 横轴：取样线长度（μm），纵轴：平均荧光强度（Intensity Average）
-
与教程一的关系：本视频是”ImageJ、Origin细胞共聚焦断面荧光强度分析”系列的第2部分，在教程一基础上增加了通道拆分步骤
教程三：图像加标尺、尺寸校正与细胞大小测量
适用场景
显微图像添加标准标尺（Scale Bar）、像素单位转换为实际物理单位、细胞尺寸定量测量。
详细操作步骤
1. 前期准备
- 需要已知长度的标尺：同倍率下拍摄的标尺图，或图像自带标尺（如20μm）
- 不同物镜倍率标尺不通用，必须用同倍率标尺校准
2. 标尺校正（Set Scale）
- 打开图像：
File → Open - 选择直线工具，沿已知标尺画等长直线
- 菜单：
Analyze → Set Scale - 参数设置：
Distance in pixels：自动填入像素长度Known distance：填入实际长度（如 20）Unit of length：填入单位（如 μm）- Global：勾选后全局应用（仅限同倍率图片）
- 点击 OK 完成校准
3. 添加标尺（Scale Bar）
- 菜单：
Analyze → Tools → Scale Bar - 参数调整：
Width：标尺长度（实际单位，如20μm）Height：标尺粗细（像素）Font size：标尺数字字号Color：标尺颜色（白/黑，与背景反差大）Location：标尺位置（左下角/右下角等）
- 点击 OK 生成标尺
4. 测量细胞大小
- 测量长度：直线工具画线 → 按
M（Analyze → Measure）→ 查看 Length - 测量面积：自由选区/椭圆工具勾勒细胞轮廓 → 按
M→ 查看 Area - 批量测量：勾勒一个后按
T添加到ROI管理器 → 全部完成后批量 Measure 导出
注意事项
- 校准误差会直接影响所有测量结果，画校准线时尽量精准
- 导出图片用
File → Save As，不要直接截图，避免分辨率损失 - 无标尺图像需用同倍率测微尺（stage micrometer）拍摄的图来校准
教程四：图像叠合与GIF动画导出
适用场景
多通道荧光图像叠合、时序/多切片图像的动态GIF展示。
操作要点
-
导入序列图片
- 菜单：
File → Import → Image Sequence导入序列图片 - 或手动整合为图像栈（Image Stack）
- 菜单：
-
多通道叠合
- 菜单：
Image → Color → Merge Channels - 可选择各通道对应的颜色，生成伪彩叠合图
- 菜单：
-
动画预览
- 菜单：
Image → Stacks → Play - 调整播放速度
- 菜单：
-
导出GIF
- 菜单：
File → Save As → Gif - 设置循环播放、帧速率等参数
- 菜单：
工具链速查
| 功能 | ImageJ 菜单路径 | 快捷键 |
|---|---|---|
| 打开图像 | File → Open | Ctrl+O |
| 绘制截面线 | 工具栏 Straight Line Tool | — |
| 绘制强度曲线 | Analyze → Plot Profile | Ctrl+K |
| 测量 | Analyze → Measure | M |
| 添加到ROI管理器 | Analyze → Tools → ROI Manager | T |
| 设置标尺 | Analyze → Set Scale | — |
| 添加Scale Bar | Analyze → Tools → Scale Bar | — |
| 通道拆分 | Image → Color → Split Channels | — |
| 通道合并 | Image → Color → Merge Channels | — |
| 导入图像序列 | File → Import → Image Sequence | — |
| 栈播放 | Image → Stacks → Play | — |
| 导出GIF | File → Save As → Gif | — |