蛋白质组实验数据库和数据提交
概述
本培训材料介绍了蛋白质组学数据共享的国际策略、主要数据库平台和数据提交规范。
数据共享的重要性
国际趋势
- 基因组研究的快速发展得益于全民数据共享原则
- 人类蛋白质组计划进入全面发展时期
- 学术界对蛋白质组数据共享的需要日益迫切
- 数据开源有利于增加文献被引用率
国际策略演进
- 2008 Amsterdam Principles：荷兰阿姆斯特丹蛋白质组数据共享峰会
- 2010 Sydney Meeting：悉尼会议扩展了Amsterdam原则
- 强调时效性、完整性、格式标准、质量标准
主要数据库平台
1. PRIDE (Proteomics Identifications Database)
- 网址：http://www.ebi.ac.uk/pride/archive/
- 机构：欧洲生物信息研究所(EBI)
- 特点：
- 接受MS/MS数据
- 严格的数据格式和元数据要求
- 与HUPO-PSI紧密合作
- 工具：PRIDE Inspector, PRIDE Converter, PRIDE Cluster
2. PeptideAtlas
- 网址：http://www.peptideatlas.org/
- 机构：美国西雅图系统生物学研究所(ISB)
- 特点：
- 使用统一流程(TPP)分析所有数据
- 按物种/组织构建整合数据集
- 包含PASSEL SRM数据库
3. MassIVE
- 网址：http://massive.ucsd.edu/
- 机构：加州大学圣地亚哥分校
- 特点：
- NIH资助的计算质谱中心
- 存储和管理原始质谱数据
- 接管了ProteomeCommons停止后的数据
4. jPOST
- 网址：https://repository.jpostdb.org/
- 机构：日本蛋白质组数据库
- 特点：亚洲地区的数据存储平台
5. iProX (中国)
- 网址：www.iprox.org
- 特点：
- 中国蛋白质组数据中心
- 支持结构化数据管理
- 三级权限系统（私有/群组/公开）
- 标准化实验元信息收集
- 承担CNHPP和C-HPP数据共享任务
ProteomeXchange 联盟
组成
- PRIDE (MS/MS数据)
- PASSEL (SRM数据)
- MassIVE
- jPOST
- ProteomeCentral
功能
- 统一提交平台
- 数据自动传播到各成员数据库
- 生成唯一ID (PXDxxxxxx)
- 支持审稿人访问
数据提交要求
文件格式
原始数据：
- mzML, mzXML, mzData
- Thermo .RAW, ABSCIEX .wiff/.wiff.scan
- Agilent .d/, Waters .raw/
- imzML, Shimadzu .run/, Bruker .yep
结果文件：
- PRIDE XML
- mzIdentML (需配peaks文件)
- mzTab
峰列表（不支持作为原始数据）：
- mgf, dta, ms2, pkl 等
提交类型
完整提交 (Complete Submission)：
- 必须包含：RAW + RESULT (PRIDE XML 或 mzIdentML)
- 若用mzIdentML，还需PEAK文件
部分提交 (Partial Submission)：
- 必须包含：RAW + SEARCH结果
- 不能包含RESULT文件
杂志要求
Molecular & Cellular Proteomics
- 接受后必须提交所有质谱数据到公开数据库
- 优先提交原始仪器文件格式
- 鼓励转换为开放格式(mzML)
Journal of Proteome Research
- 强烈鼓励提交所有MS/MS谱图
- 作者可提供额外访问方式
Proteomics
- PRIDE存储为强制要求
- 建议符合MIAPE标准
- 需在致谢中声明MIAPE合规性
必需信息
- 从质谱原始文件获取peaklist的软件/方法及版本
- 数据搜索软件及版本
- 搜索数据库名称及版本
- 谱图-肽段质控方法（阈值等）
- Decoy库搜索和FDR统计
- 肽段序列、电荷信息
- 修饰数据（修饰位点）
- 定量数据及统计方法
iProX 系统特点
功能模块
- 结构化数据管理（项目/子项目）
- 三级权限管理
- 标准化CV词表收集实验信息
- 邮件通知系统
- 站内信功能
数据存储
- 北京：30TB
- 多节点：大连、上海、武汉、长沙、深圳、广州
- 覆盖多物种、多组织、多疾病、多定量策略
数据提交流程
- 准备数据（格式转换、质量控制）
- 填写Metadata（CV词表）
- 在线提交或FTP上传
- 获取数据集ID
- 投稿时提供ID和审稿人访问权限