Mad City Labs Micro-Manager Tutorial 笔记
本文档基于 Mad City Labs 发布的 Micro-Manager 教程（24 页，text_based PDF），面向使用 Mad City Labs 设备（如 Nano-Drive）与 Micro-Manager 软件的用户。目标读者是共聚焦显微镜相关工程师/研究人员。
1. 概述
Micro-Manager 是开源显微镜控制软件（http://micro-manager.org/），本教程覆盖 Mad City Labs 设备与其集成的全部必要步骤。教程面向 Micro-Manager 1.2 版本。
2. 安装与启动
DLL 部署
- Mad City Labs DLL 必须复制到 Micro-Manager 根目录（如
C:\Program Files\Micro-Manager1.2） - DLL 命名必须以
mmgr_dal_为前缀，否则无法被 Micro-Manager 加载
启动流程
- 启动后弹出两个窗口：ImageJ 程序 + Micro-Manager 插件
- 首次启动加载 demo 配置文件，之后自动加载最近使用的配置
- 可在 Options 中勾选 “Do not ask for config file” 跳过启动配置选择
3. 硬件配置
两种配置方式
- Hardware Configuration Wizard（推荐新手）：9 步引导式配置
- Configuration File：手动编辑 .cfg 文件
Hardware Configuration Wizard 关键步骤
- Step 1：选择新建或修改已有配置
- Step 3：添加/移除设备——从设备列表中选择 Mad City Labs 设备，设备名可自定义
- Step 5：若设备有 Z 轴，必须将其设为默认聚焦设备（Default focus stage）
- Step 9：保存配置（扩展名必须为 .cfg），测试后退出
4. 配置预设（Configuration Presets）
将常用属性（如 X/Y/Z 位置）添加到主面板，避免反复打开 Device/Property Browser：
- 点击最左侧 ”+” 添加预设组，输入组名（如 “Set Position X Axis (um)”）
- 在 Preset Editor 中勾选需要的属性，可选填预设名
- 点击 Save 保存到配置文件
5. 配置文件格式
配置文件为纯文本，行首 # 为注释。逗号后不能有空格（Micro-Manager 解析器会将空格视为有效字符）。
必需段落
# Reset Property,Core,Initialize,0 ← 必须在文件顶部
# Devices Device,<标签>,<DLL名>,<适配器名> ← 设备定义段
# Initialize Property,Core,Initialize,1 ← 必须在最后初始化
Roles 段
Property,Core,Focus,<Z轴设备标签> ← 指定默认聚焦设备
Property,Core,AutoShutter,0 ← 自动快门开关
ConfigGroup 预设段
ConfigGroup,<组名>,<预设名>,<适配器名>,<属性名>,<初始值>
- 仅非只读属性（白色值）可用于预设
- 初始值无效时属性无法正确加载
6. Micro-Manager 工具
Device/Property Browser
- 查看/修改所有设备属性
- 白色值 = 可修改，灰色 = 只读
Set position：X/Y/Z 滑块移动Set Origin here：设当前位置为原点（需退出后重新打开才能设新位置）Settling Time：移动后等待时间（ms），默认 100ms，过小会报错Core-XYStage/Core-Focus：指定当前 XY 和 Z 设备
XY List
- 创建 XY 位置列表用于多点采集
- 重要：使用 Micro-Drive 时必须设为绝对定位（Absolute Positioning），因为 Micro-Manager 假设绝对定位
- 按钮功能：Mark（标记当前位置）、Remove/Remove All、Calibrate（设原点为 (0,0)）、Go to、Load/Save As（.pos 文件）、Create Grid（创建方形位置列表）
Acquisition（多维采集）
- Frames (time)：时间序列帧数 + 间隔
- Position XY：可勾选使用 XY List
- Slices (Z)：Z-start/Z-end/Z-step，选择 Relative 或 Absolute 定位
- Save：勾选后自动保存到采集目录
7. Micro-Drive 专属功能
Micro-Drive 比 Nano-Drive 多出以下属性（可在 Device/Property Browser 中查看，也可添加为预设）：
| 属性 | 说明 |
|---|---|
| Calibrate | 选择 Yes 后移动到 X/Y 前限位并设为原点，然后返回原位置 |
| Return To Origin | 移动到上次设定的原点 |
| Position Type | Relative / Absolute 两种定位模式 |
- Relative Positioning（默认）：正数向前限位移动，负数向后限位移动
- Absolute Positioning：基于原点 (0,0) 精确移动到指定位置。使用 XY List 时必须选绝对定位。Calibrate 对两种定位模式均有效。
8. 关键注意事项
- DLL 命名前缀
mmgr_dal_不可省略 - 配置文件逗号后不能有空格
- Reset 和 Initialize 两行是每个配置文件的必需项
- Z 轴设备必须在 Step 5 中指定为默认聚焦设备
- Micro-Drive 使用 XY List 前必须切换为绝对定位
- Settling Time 过小会导致位置读取错误
- Set Origin 后需退出再进入 Device/Property Browser 才能设新位置