方法编辑器 (Method Editor) — 工作日志
作者：王聪
日期：2017-08-24
概述
方法编辑器（Method Editor）是质谱仪自动实验的核心模块，用于设定实验过程中所涉及的方法和参数。
1. 母离子相关 (Parent)
1.1 数据采集 (Acquisition)
| 功能 | 说明 |
|---|---|
| 栅格 (Raster) | 扫描控制 |
| 自动定量 (Auto Quality) | 自动质量校准 |
| 激光射击 (Laser Firing) | 激光激发控制 |
| 校准 (Calibration) | 质量数校准 |
| 谱峰整形 (Peak clean up) | 峰形优化 |
| 单同位素峰值查找 | 找出丰度最大的同位素峰 |
| 谱峰过滤 (Peak filtering) | 噪声过滤 |
| Mascot 数据库 | 蛋白质鉴定 |
1.2 数据处理 (Processing)
MASCOT 是一套利用质谱数据与数据库序列进行比对来鉴定蛋白质的软件。
1.3 应用 (Applications)
- 蛋白质序列对比 (Compare Sequence)
- 打印、导出、报告
- 离子查找 (Ion Finder)
1.4 输出 (Output)
2. 子离子相关 (MS/MS)
2.1 数据采集 (Acquisition)
- 谱峰选择 (Peak Selection)
- 栅格 (Raster)
- 激光射击 (Laser Firing)
- 谱峰整形、单同位素峰值查找、谱峰过滤
- Mascot 数据库
2.2 数据处理 (Processing)
MASCOT 蛋白质鉴定软件。
2.3 输出 (Output)
- 打印、导出、报告、离子查找
要点总结
- 母离子 vs 子离子：对于Q-TOF质谱，母离子是四级杆筛选得到的离子，子离子是母离子在碰撞池中碎裂产生的碎片离子。
- 两个主要模式：母离子模式（Parent）和子离子模式（MS/MS），各自独立的数据采集和数据处理流程。
- MASCOT集成：两种模式都集成了MASCOT数据库搜索功能，用于蛋白质鉴定。